Bei der Luftkeimsammlung werden alle keimfähigen Schimmelpilzsporen in der Raumluft erfasst.
Die Luftkeimsammlung erfolgt durch die Impaktion der in der Luft befindlichen Partikel mittels Runddüsenimpaktor auf definierte Nährmedien. Hierbei wird die zu untersuchende Luft durch den Sammelkopf von oben nach unten mit unterschiedlichen Volumina angesaugt. Die so beschleunigten Partikel schlagen unterhalb der Düse im Nährmedium ein.

Für die Schimmelpilzuntersuchung werden als Nährmedien Malzextraktagar und DG18-Agar verwendet, für die Erfassung von Bakterien TSA-Blutagar und abhängig von der Fragestellung weitere Selektivmedien. Parallelmessungen pro Nährmedientyp steigern die Aussagekraft des Messergebnisses. 
Die verwendeten Nährmedien werden nach erfolgter Impaktion in Abhängigkeit von der Fragestellung bei 25 °C oder 37 °C bebrütet. Die Inkubationszeit beträgt zwischen zwei und zehn Tagen. Die Auswertung erfolgt gattungsabhängig über die Zählung der koloniebildenen Einheiten (KBE) pro m3 Luft. Einzelne Gattungen werden zur weiteren Differenzierung und Identifizierung subkultiviert. Um die keimfähigen Sporen in der Raumluft beurteilen zu können muss zusätzlich eine Referenzmessung durchgeführt werden.
 

Besteht der Verdacht eines Materialbefalls mit Schimmelpilzen, sollte dieses mit desinfiziertem Werkzeug entnommen werden, damit die Probe nicht verunreinigt wird.
Das Material wird zunächst makroskopisch und mikroskopisch analysiert. Anschließend wird es zerkleinert und in Flüssigkeit überführt, bevor es dann auf je nach Fragestellung geeignete Nährböden zur Bebrütung aufgetragen wird. Um eine quantitative Aussage treffen zu können, werden Verdünnungsreihen angelegt. Je nach Fragestellung werden die Nährmedien bei 25 °C oder 37 °C bebrütet. Nach zwei bis zehn Tagen erfolgt die Identifizierung und Quantifizierung durch Zählung der koloniebildenen Einheiten (KBE) pro g des eingewogenen Materials.

Als Materialien eignen sich:
Putz ≥ 25 g
Tapete ≥ 100 cm2
Textilien ≥ 100 cm2
Styropor ≥ 2 g
Dämmmaterial ≥ 5 g

Auch Teppichbodenstücke, Fußleisten, Silikonfugenmaterial u.a. können aus repräsentativen Bereichen eingeschickt werden.

Die Untersuchung mit Abklatschplatten (RODAC-Platten) ermöglicht eine orientierende Aussage über den Kontaminationsgrad der zu untersuchenden, glatten Oberfläche. Abklatschuntersuchungen werden auch als Kontrollen nach Flächenreinigung und -desinfektion eingesetzt.

Die Abklatschplatten haben eine Oberfläche von ca. 25 cm2. Der Nährboden ragt über den Rand der Petrischale hinaus. Nach der Händedesinfektion wird die Nährbodenseite auf die zu überprüfende Fläche aufgesetzt, leicht angedrückt und anschließend nach dem Verschließen mit Isolierband zugeklebt. Verwendet werden je nach Fragestellung Malzextrakt- und DG18-Agar (Schimmel- und Hefepilze) sowie TSA-Agar (Bakterien). Die Abklatschplatten werden anschließend bei 25 °C bzw. 37 °C bebrütet und nach zwei bzw. 10 Tagen durch eine Identifizierung und/oder Semiquantifizierung der Mikroorganismen ausgewertet.

Mithilfe von Abstrichuntersuchungen mit sterilen Abstrichtupfern lassen sich raue Oberflächen, Ecken, Kanten, Fugen und Hohlräume leichter auf die Besiedlung mit Mikroorganismen untersuchen.
Die Abstrichtupfer sollten vorher mit steriler Kochsalzlösung angefeuchtet und nach Probenahme in einem sterilen Behälter transportiert werden. Alternativ können Abstrichtupfer verwendet werden, die in einem Gel transportiert werden.

Zunächst wird jeder Abstrichtupfer in NaCl-Lösung suspendiert, hieraus eine Verdünnungsreihe hergestellt und anschließend auf die zur Untersuchung geeignete Nährböden überimpft. Die Auswahl des Agars, die Bebrütungszeit und -dauer hängen von der Fragestellung ab. Abschließend werden eine Identifizierung und/oder eine Semiquantifizierung der gewachsenen Mikroorganismen vorgenommen.

Folienkontaktproben ermöglichen die Differenzierung zwischen einem aktuell aktiven Schimmelbefall und einer sekundären Kontamination durch Sporen aus der Luft. Auch ein älterer oder bereits behandelter Schimmelbefall kann mit dieser Methode erkannt werden.

Von der befallenen Oberfläche werden Folienkontaktproben zur sofortigen mikroskopischen Untersuchung genommen. Hierfür wird ein durchsichtiger Klebestreifen (Tesa kristallklar) aufgedrückt, sofort wieder abgezogen und anschließend luftblasenfrei auf einem Objektträger oder eine Prospekthülle aufgeklebt. Für den Versand von Objektträgern sind die dafür vorgesehenen Transportbehälter zu verwenden.
Die Folienkontaktproben werden nach Färbung direkt mikroskopisch analysiert. Dies ermöglicht die sofortige Aussage über das Vorhandensein von Schimmelpilzen sowie über deren Pilzgattungen. Beurteilt wird das Vorhandensein von Myzel, Sporenträgern und Sporen, um auf einen aktiven Materialbefall schließen zu können. Mithilfe von Folienkontaktproben können auch nicht kultivierbare Pilze sowie Milben oder Milbenkot gesichtet werden.

Der Holzabbau durch holzzerstörende Pilze bewirkt einen erheblichen Verlust an Holzfestigkeit, Härte, Volumen und Gewicht und kann letztlich einen Zerfall des Holzes zur Folge haben.
Die wichtigsten und häufigsten in Gebäuden vorkommenden holzzerstörenden Pilze sind u.a. der Echte Hausschwamm, Porenschwämme und Kellerschwämme, die eine intensive Braunfäule in verbautem Nadelholz hervorrufen können. Der Echte Hausschwamm (Serpula lacrymans) gilt hierbei aufgrund seiner besonderen Lebensbedingungen und Fähigkeiten als gefährlichster und auch am schwierigsten zu bekämpfender Hausfäuleerreger. Dessen Identifizierung steht im Fokus der Laboranalyse, da hiervon sowohl das Schadensausmaß als auch der Umfang der Sanierung abhängen.

Bei einem Verdacht auf holzzerstörende Pilze im Gebäude müssen als geeignetes Material möglichst Fruchtkörper, Myzelien und Stränge zur Analyse entnommen und zur Auswertung eingesendet werden. Auch die Beschaffenheit des befallenen Holzes (Würfelbruch, Faserbruch) liefert wertvolle Hinweise auf den vorliegenden holzzerstörenden Pilz und sollte zumindest fotografisch dokumentiert werden. Die Identifizierung des holzzerstörenden Pilzes erfolgt anhand von makro- und mikromorphologischer Merkmale des eingesendeten Pilzmaterials sowie des befallenen Holzes. Außerdem kann eine molekularbiologische Amplifikation spezifischer Genabschnitte erfolgen, an die sich eine Gen-Sequenzierung und Abgleich mit einer Datenbank anschließt. Für Serpula lacrymans steht eine PCR zur Verfügung.